《櫻花大戰(zhàn)2》的故事從太正十四年春、大神從南美歸來重任花組隊長開始。在他們面前是新的敵人——以陸軍大臣、古代陰陽師后人京極慶吾、鬼王為首的“黑鬼會”，手下是由金剛、木食、水狐、火車、土蜘蛛組成的“五行眾”。而花組方面也補充了兩名新隊員，來自歐洲“星組”的意大利紅色貴族少女織姬和沉默的德國少女雷尼，而菖蒲的妹妹——藤枝楓則代替了死去的姐姐成為帝擊的副司令。在與黑鬼會的戰(zhàn)斗中，魔神器再次成為雙方爭奪的對象，為了不讓櫻重蹈父親一馬的悲劇，大神毅然毀壞了魔神器，決心以花組自身的力量來守護和平。此時的京極利用發(fā)動叛亂來轉(zhuǎn)移人們視線，令降魔復活，并召喚出了以帝都的怨念為能源的究極兵器 ——武藏，帝都再次面臨危機。初逢、相知、信任、別離……新花組再次出擊！《櫻花大戰(zhàn)2》的故事緊接一代，沉浸在一片和平之中的帝都，被新的不祥陰影所籠罩。從南美參加演習歸來的主人公大神一郎，再度受命擔任帝國華擊團，花組隊長。這次補充了兩名新隊員的花組所要面對的敵人是以鬼王為首的“黑鬼會”。而在與黑鬼會的頻繁戰(zhàn)斗中，一個事關帝都安危的大陰謀漸露端倪…… 櫻花大戰(zhàn)原班人馬再度集結締造游戲史上永恒經(jīng)典！乘坐新·空中戰(zhàn)艦三笠的花組突入武藏內(nèi)部，以二刀二劍儀式封印了降魔，鬼王（復活的真宮寺一馬）也擺脫了京極的控制，用自己的身體保護了女兒。最終，魔操機兵·新皇和京極被消滅，帝都又恢復了和平。而大神則再次離開花組，以海軍留學生身份遠赴巴黎留學（實際上是去上任巴黎花組隊長）。